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どのような設定をした段階で .htaccess を削除してしまったかにもよります。

いままで何も設定したつもりがないのに .htaccess が生成されていたとしたらおそらく、

#####wpcomment_nojpdeny#####
SetEnvIf Request_URI ".*" WpCommentDeny
#####end:wpcomment_nojpdeny#####

の３行のみです。
これだおそらく WordPress をインストールしたときに備えて、国外からのコメントを規制するための設定かと思われます。
ですので、WordPress をインストールしていないならば、この設定があってもなくても無害でしょう。
必要があって再度設定するなら、「サーバー管理ツール」から。
https://www.star.ne.jp/manual/homepage_wp_security.php


しかし、
・リダイレクト（アクセス転送）設定をしていた場合には、 .htaccess を削除すると設定が消えてしまうはずです。
・http:// でアクセスされた場合に https:// に自動転送するような設定をしていた場合も、消えます。
・ルートディレクトリに WordPress をインストールしていた場合には、WordPressの表示に必要な設定や、各種プラグインが使用する設定などが消えます。

そのようなときは、設定をしなおしたり、自分でとっておいたバックアップから書き戻したりするわけですが。

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