netowl

> 独自ドメインのメールアドレスを使用するため、ネームサーバー１と３サーバーに違うネームサーバー１と３他社サーバー名となっているからでしょうか？

なにがなんだか判りませんが、
なぜこういうトリッキーなことをしているのかが問題です。
「スタードメイン」のネームサーバ機能だけでも足りるはずです。「スタードメイン」で登録した独自ドメインであれば、DNSレコードを自ら追加したり変更したりすることが可能です。
それでも機能が足りないのならば足りないで、（Cloudflare なり Google Cloud DNS なり）別の業者ひとつに集約すべきで、
異なる内容を保持しているネームサーバを並列させるのは間違っています。
複数のネームサーバ間で同じ内容を保持している必要があり、一般には、プライマリネームサーバからセカンダリネームサーバにゾーン転送して同じ内容を保持するようにして運用します。

メールの受取先サーバを見つけるには MX レコードを引くわけで、
その MX レコードに登録されているFQDNは、異なるドメイン名上のメールサーバでもかまいません。


> でもその場合どこから独自SSLを設定するサーバー名を指定するのかがわかりません。

そんなものはない、
対象のFQDNのAレコードを引いて、そこにウェブサービスがあると期待してアクセスしてくるだけですから。

>>
ネットオウルのQ&A掲示板は、ユーザー同士で質問・回答を行うものであり、サポートより回答を差し上げるものではありません。料金お支払いや、個別の契約情報などに関することは、直接サポートへとお問い合わせ下さい。
<<

無料独自SSLを設定する
https://www.star.ne.jp/manual/guide_ssl_free_2.php

上記手順通りにやってもダメだということでしょうか？

>何度送信しても
サーバーの管理画面内から確定ボタンを押すことを「送信」と表現しているのか、それ以外のことなのかがこれではわかりません。

どこまでやってどの手順でエラーが出るのか書かないと誰にも状況がわかりません。

独自ドメインで運用するサイトにおいて、自動更新に失敗する場合
https://www.star.ne.jp/manual/guide_ssl_free_2.php#auto-update


***********

「スタードメイン無料サーバー」というのはスタードメインで独自ドメインを運用している人専用のサーバーです。
「スターサーバーフリー」とは別のもので入口も違います。
独自ドメインをスタードメインで運用していても、「スターサーバーフリー」でサイトを運営している場合には、『無料独自SSL』は使用できません。

ネットオウルのサーバーでは証明書の持ち込みができないので、サーバーの管理画面からの追加以外でSSL設定を行うことはできません。

証明書の発行には、いわゆるウェブ認証（http-01）が必要です。
そのため、発行対象のドメインのウェブサーバと該当URLに対して正常にアクセス可能な状態になっている必要があります。

ドメインの取得したてであったり、
サーバーアカウントの開設したてであったり、
あるいはDNSレコードが適切に設定されておらず該当ドメインでサーバにアクセス不可能な状態だと、
認証が通らないため証明書が発行されません。

また、Let's Encrypt の証明書なので、認証を短時間に何度も失敗すると一定時間は常にエラーになります。
| 検証の失敗は、1アカウントごと、1ホスト名ごと、1時間毎に、5回までに制限されています。
https://letsencrypt.org/ja/docs/rate-limits/

＞独自ドメインのメールアドレスを使用するため、
＞ネームサーバー１と３サーバーに違うネームサーバー１
＞と３他社サーバー名となっているからでしょうか？

たぶんそれが原因だと思うよ。

どのネームサーバーでも、
追加しようとするドメインのAレコードが
スタードメイン無料サーバーを返すのなら大丈夫そうに思うが・・。