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どのサーバーを利用しているのか、カテゴリー選択がされていないため大雑把な回答になります。

まず、ファイルの転送が本当にできているのかどうかを確認したほうがいいでしょう。
WebFTPにログインして、転送したはずのファイルがすべてアップロードされているかどうかを確認してください。

https://www.star.ne.jp/manual/tool_webftp.php
（有料サーバーのマニュアルです）

404になってしまった状況を第三者にもわかるように書いた方がいいでしょう。
URLを直接ブラウザのアドレスバーに入れたのか、トップページからのリンクをクリックしたら404になったのかすらこれではわかりません。

サイトのURL/フォルダ名（あれば）/ファイル名　などサイトの構成通りのURLをアドレスバーに入れてそのページが表示されるのであれば、トップページからのリンクが間違っているのではないかと思います。

ファイルが多いのでフォルダーを新たに作ってそこに整理などをすると、ファイル構成が変わってしまうのでURLも変わります。

ディレクトリ名やファイル名の大文字・小文字が一致していないという可能性もありますね。
ジオシティーズでも大文字と小文字は区別され、index.html に関しては全て小文字というルールがあるはずですが、
スターサーバーなどでも同様です。

HTMLファイル内で、リンク先などに記載している URL が実際のファイル名と大文字・小文字が一致していなければ 404 になるでしょうし、
ブラウザに直接 URL を打ち込んでアクセスするのでもやはり、一致していなければ 404 になるでしょう。

DOS/Windows では大文字小文字を区別しないため、意図せず大文字になってしまっていたりすることもあります。

ご回答くださった方々、ありがとうございます！
他のリンクについては、htmlを最後につけることで解決いたしました。
ご丁寧にご回答いただき、誠にありがとうございました。

平素はネットオウルをご利用いただき誠にありがとうございます。
ネットオウル運営チームです。

本ご質問は一定期間新たな回答がなかったため
運営チームで締め切らせていただきました。


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