netowl

問題ないですよ。
FTPの中身を削除してしまったということは、現在ウェブサイトを作りたいドメイン（URL）にアクセスすると、Not Foundの表示がされているのではないでしょうか。

そこにファイルをアップロードすることで、ウェブページが出来上がっていきます。
契約直後のサーバの中には、index.html、default_page.pngなどのファイル（デフォルトページ）があったはずですが、これは「このページはまだ未完成ですよ」ということを示すために最初からサーバに置かれているものです。

削除してしまったデフォルトページは復旧できませんが、通常はこのファイルを削除してウェブページを作っていくので、削除してしまったからまずい、ということはありません。

初期状態では.htaccessは生成されていないはずですが、
使用するPHPのバージョンを5.3.3に変更するなど、何かコントロールパネルを操作しましたか？

もう一度設定をしなおせば新たに生成されると思いますが、
参考までに、PHPを5.3.3で使用する場合の記述は次のようになります。

#####phpversion#####
AddHandler x-httpd-php5.3 .php .phps
#####end:phpversion#####

また、WordPressなどのブログツールを使う場合にも.htaccessは使われますが、「ホームページをアップする前」とのことでしたので、今回は関係なさそうですね。

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