netowl

おそらく不可能だと思います。
サブドメインのドキュメントルートよりも上位のディレクトリに上がってしまうので、
セキュリティの観点で規制している一般的な設定のウェブサーバであれば。
そしておそらくは、スターサーバーもそういう規制はかかっているはずです。

共用サーバでなく、自分がサーバ管理者自身であれば、設定を追加することは可能ですけれども。

つまり、
> 同じドメインの中で一つ階層を上げるように
> index.phpと.htaccess書き換えるだけでできるでしょうか?
の「一つ階層を上げる」先が、Rewriteだけではアクセス不可能だから。
特定のディレクトリ/URLにアクセスされたとき用に、別のドキュメントルートを設定しないといけないでしょうから。

/home+userID+kenkojk.stars.ne.jp/public_html/（ドキュメントルート）
　　　|　　　|
　　　|　　　+example.com/public_html/（ドキュメントルート）
　　　|　　　|
　　　|　　　+example.biz/public_html/（ドキュメントルート）
　　　+他の契約者のID
　　　+他の契約者のID
ネットオウルのサーバーはこのようになっています。

kenkojk.stars.ne.jp/public_html/example.comを作ってもhttp://example.comではアクセスできません。

> 同じドメインの中で一つ階層を上げるように
> index.phpと.htaccess書き換えるだけでできるでしょうか?

できるけれど、自分で方法が思いつかないようなら、絶対にトラブルの元だからやめた方がいい。

> それとも各ドメインのルートにディレクトリを作ってインストールした方が良いのでしょうか?

意味しているところが不明だけれども、自己責任でできないなら、デフォールトに従った方がいい。

>>
kenkojk.stars.ne.jp
というスターサーバのルートディレクトリーに
ディレクトリーを作ってまとめたいのです。
<<

スターサーバーを含む、ネットオウルのレンタルサーバーでは無理（だと思う）。

他社の一部のレンタルサーバーでは、

独自ドメインとディレクトリの割り当てを任意に設定できるが
ネットオウルは固定で決まってるから。

> ワードプレス初級者と中級者の間なので

「できる」というのは、unix/apacheのハッカークラスが対象なので、『ワードプレス初級者と中級者の間』なら、多分無理。