netowl

>ファイルマネージャーのドメイン名の一覧に自分のフォルダだけある状態

それなら以下の状態では内容が表示されるんじゃないでしょうか
http://（アカウントID）.starfree.jp/（自分のフォルダ名）/（自分のフォルダ名内のファイル名）

どのURLにアクセスして反映されていないと思っているのか、の問題のような気がします。
ネットオウルではindex ofは表示されない設定になっているので、トップにフォルダしかない場合にはページが存在しないということになります。

ということで、ジョバンニさんの回答につながります。

以下は参考までにどうぞ
https://secure.netowl.jp/bbs/detail.cgi?td=3812
https://secure.netowl.jp/bbs/detail.cgi?td=3801
https://secure.netowl.jp/bbs/detail.cgi?td=3758
https://secure.netowl.jp/bbs/detail.cgi?td=3394

「ドメイン名の一覧に自分のフォルダだけある状態」というのが、どういう状態なのかよくわかりませんが、

『最初に一覧にあったindexとdefault、access（でしたっけ？）の３つのファイル』のあった場所に、「自分のフォルダの『中身』」をアップロードすればいいだけだと思いますよ。
(他社のサーバーだと、public_htmlフォルダーの中身)

基本的には「geocitiesのファイルをそのままPCに落としてそれをそっくりこちらのサーバーにアップすればよい」だけのはずですが、アップロードする場所を間違えているのでは？

あと、動作確認する場合は、キャッシュのクリアを忘れないようにしないと、違うものを見ている可能性があるので気をつけた方がいいのと、スターサーバーではファイル名の大文字・小文字は区別されるので、index.html が Index.html や、INDEX.HTML になっていたりすると表示されません。

> ftpソフトでファイルマネージャーにアップしたあと

「ファイルマネージャー」（WebFTP）は FTPクライアント（FTP ソフト）に相当するものですから、
「FTPソフトでファイルマネージャーにアップロードする」というのはおかしいので、
その時点で何か勘違いをしているのではないかという気がします。


> ファイルマネージャーのドメイン名の一覧に自分のフォルダだけある状態

フォルダ（ディレクトリ）が何もつくられていなければ、
「ファイルマネージャー」の左側に表示されるディレクトリ一覧部分は、
FTPアカウント名（FTP ユーザ名。スターサーバーフリーなどではドメイン名と同じ）だけが表示されますので、
そういう意味であれば正常な状態です。


おそらく勘違いとか技術的な（しくみ）の理解が不足しているとかが原因で、
そもそも未だにアップロードされていない状態なのかもしれません。
だとすればそれは、 404 Not Found が出ますよね。


また、もしかすると携帯端末で、FTP「アプリ」（App）やブラウザで操作していたりしませんか？
そうすると、思うようにはいかないこともありえます。
（パソコンを使用するのが正道です。）

「ファイルマネージャー」(WebFTP)にも、ファイル作成や編集など最低限の機能はありますので、
試しに index.html を作成して使い方を確認してみるのもよいと思います。
それでうまく使えていたら、ちゃんと表示されますよね。
反対に、端末の環境とかで「ファイルマネージャー」と相性がよくなければうまくいかないと思いますから。

ファイルが正常にアップロードされていれば、「ファイルマネージャー」の右側がファイル一覧ですから、そこに表示されるはずなんですよ。


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また、 index.html と default_page.png は、本運用では削除すべきファイルなので、消してしまったのは正しいです。

他方で、 .htaccess は、 Wordpress の国外アクセス制限の設定の目的で初期状態で作成されますから、
もしもあなたが Wordpress を使用する予定があるのでしたら、「サーバー管理ツール」から再設定をする必要があるかもしれません。（国外IPアドレスから Wordpress のログイン画面などにアクセスされて構わないのなら放っておいても構いませんが、セキュリティ的にはいまいち。）
ジオシティーズから移転して、同じウェブサイトのまま運用し Wordpress は要らないのであれば、気にしなくとも問題ありません。