netowl

質問にちゃんと答えていませんでしたので、追加

> .htaccess は何でしょうか？削除してもいいものですか？

マニュアル:
https://www.star.ne.jp/manual/homepage_htaccess.php

.htaccess を使用するとさまざまな設定が可能です。

.htaccess は自ら書き換えて設定することも可能ですが、
「サーバー管理ツール」での設定作業に応じても .htaccess が書き換えられることがあります。

「サーバー管理ツール」で書き込まれた設定を、自ら削除してしまっても、
「サーバー管理ツール」で再設定すれば戻せるはずですが、
失念していると、設定状態を勘違いしてしまってトラブルの元になることもあります。
（ですから、マニュアルにも「編集の際はサーバー管理ツールの設定を誤削除されないように、ご注意ください」と書かれています。）

.htaccess は、間違うと、サーバエラーなどで思ったように表示されなくなるなどトラブルになりますから、
ある程度は理解していないかぎり、編集しない方が無難です。

よって、現段階では、削除はしないほうがいいといえます。
中身に何が書いてあるかを理解したうえならば、編集や削除はしてもかまいません。

.htaccessとは
https://qiita.com/gnk0096/items/7e5bd6e8dc9b04c9978e

サイトの作り方次第で必要なものだけど、サイトの作り方次第で不要なもの

> index.htmlは初期にあるindex.htmlに上書き出来ませんでした。

ま、タイムスタンプが新しいものが残るように設定したのでは？

Wordpress のインストールが可能なプラン
（スターサーバーのライトプラン以上、スターサーバーフリーPHP+MySQLプラン、スタードメイン無料サーバー）
だと、
アカウント開設時ならびに独自ドメインおよびサブドメイン追加時には、
.htaccess がデフォルトで作成されるはずです。
これは、 Wordpress への国外IPアドレス禁止のための設定で、
Wordpress をインストールしていなくても作成されるようです。

参考： https://www.star.ne.jp/manual/homepage_wp_security.php

中身は、

#####wpcomment_nojpdeny#####
SetEnvIf Request_URI ".*" WpCommentDeny
#####end:wpcomment_nojpdeny#####

です。

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FFFTPの「ミラーリングアップロード」は、ローカル（PC）とリモート（サーバ）で内容を同期させるためのものです。

同一名称のファイルやディレクトリがあるときには、勝手に上書きされても困りますから、
上書きしないような設定が可能なはずです。
ですので、こうした設定になっている状態では自動では上書きされません。
これは、 FFFTP の正常な挙動で、スターサーバーには原因はないと考えられます。