netowl

サブドメインは
サブドメイン用のフォルダーが作成されます。

例：
sample.net
↓
sample.net/public_html

blog.sample.net
↓
sample.net/public_html/blog.sample.net

となります。
名前は決まってるので
任意のフォルダ名にすることはできません。

diary.sample.net
↓
sample.net/public_html/diary.sample.net

となります。

具体的な設定方法は、以下になると思います。

1) コントールパネル(サーバー管理ツール)にログイン
2) サブドメインの追加
3) 設定反映を待つ(DNSなどの浸透に数時間程度かかるようです）
4) 設定を待ちつつサブドメイン名フォルダにファイルをアップ
　 (FTPアカウントには親ドメインのものを利用）
5) 完了

coinさんのおっしゃられるとおりサブドメイン用のフォルダは
サブドメイン名のもの固定です。

FTPでアクセスした場合のフォルダ構造と
URLを比較した場合は以下のようになります。
-------------------------------------
■ドメイン
http://sample.net/index.html
↓
/index.html

■サブドメイン1
http://diary.sample.net/index.html
↓
/diary.sample.net/index.html

■サブドメイン2
http://blog.sample.net/index.html
↓
/blog.sample.net/index.html

・ドメインの場合は直下(FTPのroot)にアップする
・サブドメインの場合はサブドメイン名のフォルダにアップする
　とシンプルに考えればよいと思います。

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